Un mois après le premier volet de la saga de la jeune femme en Chine, Mulan 2 permet de suivre les nouvelles aventures de l’héroïne la plus connue du pays, à commencer par le consul de l’empereur Chi-Fu qui a toujours du mal à se faire à l’idée que Mulan est une héroïne. Un jour Shang propose enfin à Mulan de l’épouser, ce qui n’enchante pas Mushu qui perdrait alors son statut de gardien de la famille Fa. Elle fera ensuite partie de la famille de Shang et les gardiens ne seraient plus les mêmes. Mushu redeviendrait alors un simple sonneur de gong.
Mushu décide d’essayer de briser le couple de Mulan. Pendant ce temps, Mulan et Shang sont convoqués par l’empereur. Il leur révèle que les Mongols menacent la Chine cette fois. L’empereur envisage de former une alliance avec le royaume voisin de Qui Gong, pour aider à repousser des Mongols. Pour solidifier l’alliance, il demande à Mulan et Shang d’escorter trois princesses: Mei, Ting-Ting, et Su à Qui Gong, où elles seront mariées à trois fils de Lord Chin. Si Mulan et Shang ne terminent pas la mission en trois jours, l’alliance prendra fin, et les Mongols seront en mesure de détruire la Chine.
Mulan et Shang sont partis avec Yao, Ling et Chien Po. Malgré la participation du trio dans le sauvetage de la Chine, les trois n’ont pas été en mesure de trouver une épouse pour le moment. Pendant le voyage, les princesses tombent amoureuses de chacun d’eux, et les sentiments sont réciproques pour Yao, Ling et Chien Po. Une nuit, les trois soldats décident d’emmener les princesses dans un village voisin pour impressionner les princesses. Mulan décide de désobéir aux ordres et essayer d’empêcher le mariage arrangé. Pendant ce temps, Mushu travaille pour essayer de briser le couple Mulan et Shang. Il réussit à tromper Shang en lui faisant penser que Mulan se sert de lui. Cela conduit à des frictions entre Shang et Mulan.
Le voyage continue, ils passent par la terre habitée par des bandits. Sous la pression de Cri-Kee, Mushu est forcé de révéler son plan pour séparer Mulan et Shang. Réalisant le malentendu, Mulan va éclaircir ce point avec Shang. Avant qu’elle ne puisse le faire, le groupe est attaqué par des bandits. Mulan et Shang sont en mesure de sauver les princesses, mais ils finissent pendu à un pont cassé. La corde ne peut soutenir qu’une personne, donc Shang se laisse aller pour sauver Mulan, et tombe dans la rivière.
Mulan continue sur le chemin de Qui Gong. Mais les princesses ne souhaitent pas se marier, et comme on croit que Shang est mort, Mulan s’offre comme une jeune mariée à l’un des princes. Cependant, Shang a survécu à la chute, et se rend à Qui Gong pour essayer de l’arrêter. Mulan a presque fini avec le mariage, mais est arrêté par le Dragon de l’Unité d’or, c’est en fait Mushu le dragon à l’intérieur de la statue. Mulan et Shang sont finalement mariés et les princesses sont libérés de leurs vœux.
De retour à la maison, les ancêtres préparent une liste de tâches à faire pour Mushu, Shang arrive au sanctuaire et combine le temple de sa famille avec celui de Mulan. Cela permet de garder Mushu en tant que gardien de la famille. Mulan et Shang vivent heureux pour toujours.