Le retour de Jafar commence avec une bande de voleurs qui arrivent dans leur cachette avec leurs derniers butin. Tout comme leur chef incompétent, Abis Mal, suscite l’ire de ses hommes, Aladdin et Abu voler les trésors de retour et distribuent plus de celui-ci parmi les pauvres d’Agrabah – à l’exception d’une fleur de bijou, qui Aladdin entend donner à Jasmine. À leur arrivée, Jasmine Aladdin annonce une surprise que le Sultan a l’intention de révéler au dîner de ce soir.
Pendant ce temps, dans le désert, Iago parvient à lui-même et la lampe de génie Jafar creuser dans le sable dans lequel le Genie leur avait tiré. Jafar commandes Iago lui libèrent à la fois, mais Iago, fatigué d’être maltraités par Jafar, jette la lampe dans un puits voisin. Il retourne à Agrabah, espérant convaincre Aladdin qu’il avait servi Jafar seulement parce qu’il l’avait hypnotisé tout comme le Sultan (même si ce ne est pas la vérité). Il rencontre Aladdin et insiste qu’il est innocent, mais Aladdin ne est pas dupe et tente de le capturer. Tout en chassant Iago, Aladdin a une altercation avec Abis Mal et certains de ses hommes, mais est sauvé par Iago. Maintenant prêt à donner une chance équitable Iago, Aladdin retourne avec lui au palais, où ils sont accueillis par Genie, qui est retourné de voir le monde et est heureux d’être dans la maison Agrabah. Cette nuit-là, le sultan annonce qu’il veut faire Aladdin son nouveau grand vizir. Essayer de tirer sur la bonne humeur, Aladdin tente de persuader le Sultan de pardonner Iago, mais Iago ruine par inadvertance le dîner et le Sultan et Jasmine sont furieux. Avec l’aide de Iago, cependant, Jasmine éventuellement réconcilie avec Aladdin.
Pendant ce temps, Jafar, par chance, est trouvé par Abis Mal. Comme Jafar est un génie, il est handicapé par l’incompétence de son nouveau «maître». Jafar désire être libre afin qu’il puisse se venger de Aladdin et statuer Agrabah, mais a besoin de la coopération de Mal pour ce faire. Bien Abis Mal est techniquement son maître, Jafar affirme encore son pouvoir en incitant Abis Mal en perdre deux de ses souhaits et de le placer dans des situations dangereuses avant de lui faire revenir à Agrabah; Toutefois, Abis Mal va volontiers avec Jafar afin d’obtenir sa propre vengeance sur Aladdin. Une fois dans le palais, Jafar se révèle à Iago et le force à jouer avec ses plans. Le lendemain, Aladdin et le Sultan départ pour avoir une discussion à un endroit suggéré par Iago. Après leur départ, Jafar confronte le Genie et Abu dans les jardins du Palais et montre son pouvoir, emprisonnant la paire.
Pendant ce temps, Aladdin dispose également d’un entretien avec le Sultan qui gagne son acceptation comme le futur grand vizir. Lorsque Aladdin grâce Iago, il est pris en embuscade par Abis Mal, accompagné par un groupe de cavaliers masqués. Aladdin, impuissant sans tapis (qui est piétiné par un des chevaux), ne parvient pas à éviter la capture du Sultan. Lorsque Tapis récupère, Aladdin donne la chasse, seulement d’être choqué quand les chevaux galopent de la falaise et de pousser des ailes. Malgré sa grande surprise, Aladdin reprend le Sultan. Il est sur le point de se enfuir lorsque l’un des cavaliers de Abis Mal crée une trombe, suçant le Sultan hors le tapis et dans la trombe. Aladdin tourne le tapis de retour pour sauver le sultan, mais lui et le tapis sont aspiré. Aladdin, cependant, est rejetée en arrière sur et dans la rivière en furie. Tout en luttant pour rester au-dessus de la surface de l’eau, Aladdin parvient à saisir un rocher. Mais avant qu’il puisse reprendre son souffle, Abis Mal le frappe dans la rivière, et il se effondre sur le bord de la cascade. Abis Mal bénéficie son heure de gloire, mais l’un des cavaliers utilise la magie pour garder Aladdin de rencontrer sa mort. Aladdin puis flotte doucement sur les rochers mortelles et est tombé dans l’eau plus sûre.
Il est enfin révélé que tous les cavaliers étaient Jafar déguisé. Abis Mal se précipite vers Jafar, exprimer la colère que Aladdin a été sauvé, (« Il était si près d’être un peu grasse frottis sur les rochers! ») En gardant à peine sa colère, Jafar rappelle Abis Mal du plan et félicite Iago pour son travail. Iago, cependant, est clairement en détresse à trahir Aladdin. Le soir venu, Aladdin récupère sur une rivière en arrière. Il est ensuite laissé à ramper à Agrabah à pied.
Quand il revient, Jasmine l’accuse d’avoir assassiné le sultan et le condamne à mort. Aladdin est choqué, mais la vérité est que Jasmine a également été capturé alors Aladdin était absent, et Jafar se déguisa en elle quand il a prononcé la sentence de mort.
Dans le donjon, Jasmine et les autres réprimander Iago pour les trahir, mais leur colère est vite oublié quand Iago choisit de tenter de libérer Genie afin qu’il puisse sauver Aladdin. Jafar se révèle à Aladdin moments avant son exécution, et Aladdin tente frénétiquement de dire aux gardes, mais ils ne écoutent pas. Enfin, après une grande quantité d’effort, Iago libère Genie, qui sauve Aladdin tout comme l’épée tombe, et puis les autres. Aladdin se éteigne sur Iago pour lui la mise en place, mais change d’avis quand Jasmine l’informe que Iago les libéra de sa propre. Alors que Iago suggère qu’ils courent, Aladdin décide de tenter d’arrêter Jafar. Genie dit Aladdin que, afin de détruire Jafar, sa lampe doit être détruit avant Abis Mal lui souhaite gratuitement. Iago choisit de ne pas faire face à Jafar, et les autres le laisser aller sans blâme en raison de leur nouvelle liberté.
Jafar et Abis Mal célèbrent la mort de Aladdin et Abis Mal veut son troisième souhait. Cependant, Jafar refuse à moins que le souhait est utilisé pour le libérer. Il soudoie Abis Mal en évoquant des quantités de masse d’or et le trésor en échange de l’aide de la troisième vœu pour le libérer, alors Genie tente et ne parvient pas à voler la lampe de Jafar sans être vu par les deux. Mais Abis Mal hésite, soupçonneux des motifs de Jafar. Ils repèrent dès Abu tentant de voler la lampe, Jafar, surpris et furieux de voir que Aladdin est encore en vie, les coups de la salle du trône dans le jardin du palais. Aladdin et Abu sont sauvés par Genie et Abis Mal est pris sur une branche d’arbre, incapable d’atteindre la lampe ou bien déplacer, et la lampe tombe sur le sol.
Aladdin, Jasmine, le Génie, Abu Jafar et tapis engager (dans sa forme monstrueuse de génie) au combat, mais même quand il est lié par les règles de la Genie il les surpasse facilement, en utilisant ses pouvoirs tremendrous de les empêcher d’obtenir la lampe. Son utilisation aveugle du pouvoir ouvre une fissure dans le sol qui est rempli de magma. Bien piégé, Aladdin fait face à une mort certaine lorsque soudain Iago réapparaît et se empare de la lampe. Jafar lui explosions, le laissant pour mort, mais Iago parvient à récupérer pendant un moment et utilise sa dernière once de force pour tirer la lampe dans le magma; Jafar faire imploser violemment dans un nuage de poussière, le détruire pour toujours.
Pour la joie de tous, Iago récupère de ses blessures, car il est parmi l’ensemble d’un Genie des lois qu’il ne peut pas utiliser ses pouvoirs pour tuer. Au milieu de la célébration, cependant, Aladdin annonce au sultan qu’il ne est pas encore prêt à devenir un grand vizir, parce que d’abord il veut voir le monde, et ne peut pas rester dans le Palais pour l’instant. Jasmine déclare qu’elle se joindre à lui, mais Iago se oppose à cette et continue à tempêter que le film se termine.
Après le générique, Abis Mal, toujours coincé sur une branche d’arbre, se rend compte tout à coup que, avec Jafar et la lampe disparu, il ne aura jamais son troisième souhait.