Basil détective privé débute à Londres, vers 1897, un jeune souris écossaise-gallois nommé Olivia Flaversham célèbre son huitième anniversaire avec son père de fabricant de jouets, Hiram. Soudain, Fidget, une chauve-souris avec une aile infirme et une jambe de cheville, fait irruption dans l’atelier des Flavershams, et après une courte lutte disparaît avec Hiram.
Il est plus tard révélé que le mal professeur Ratigan enlevé Hiram de créer un robot d’horlogerie qui imite la Reine de la souris afin Ratigan peut exclure Angleterre. Hiram refuse de prendre part dans le schéma de Ratigan, après quoi Ratigan commandes Fidget pour capturer Olivia. Si Hiram refuse de coopérer, Ratigan aura Olivia nourris à son chat, Felicia.
Puis Olivia recherches pour trouver Basile de Baker Street, un détective de renommée mondiale et la archnemesis Ratigan. Dr David Q. Dawson tombe sur Olivia, et l’aide à trouver la résidence de Basil. Au début, Basil est réticent, mais quand Olivia mentionne la chauve-souris peg-pattes qui kidnappé son père, Basile se rend compte que ce est sa chance de capturer Ratigan. Basile et Dawson utilise ensuite l’animal de compagnie de Sherlock Holmes, Toby Basset Hound nommé, pour suivre l’odeur de Fidget d’un magasin de jouets à proximité. Fidget est surpris par Basil, Dawson, et Olivia dans le magasin de jouets où il vole mécanismes d’horlogerie et les uniformes des soldats de jouets pour le plan de Ratigan. Il se cache et emprisonne tard Olivia par son embuscade à l’intérieur un berceau du jouet. Basile et Dawson poursuivent Fidget mais se entremêlent dans certains jouets et tombent derrière, donnant Fidget assez de temps pour se échapper avec tous les matériaux dont il a besoin, avec Olivia.
Alors que la recherche de la boutique, Dawson découvre liste oubliés de Fidget, qui détaille tout Fidget a pris avec lui. Basile et Dawson reviennent à Baker Street, où Basile découvre au moyen d’un examen approfondi et des tests chimiques que la liste provenaient de la rivière, et ils cherchent une petite taverne près de la Tamise, où l’égout serait connecter à la rivière. Basile et Dawson se déguisent en marins et aller dans la taverne, demandant pour Ratigan. Alors qu’ils attendent, Fidget trébuche par la pub. Les deux suivent Fidget par quelques tuyaux au siège de Ratigan, seulement pour découvrir que Ratigan et ses sbires avaient préparé pour leur arrivée. Triomphante, Ratigan les lie à une souricière à ressort, relié à une machine de Rube Goldberg fait d’une arme à feu, une arbalète, une hache et un avil. Ratigan part pour Buckingham Palace, où Fidget et ses complices réussissent à vaincre Garde royale et enlever la reine. Basil désespère brièvement à être déjoué, mais se enclenche hors de lui juste à temps pour en déduire la faiblesse de le piège et se échapper.
Retour à Buckingham Palace, les forces Ratigan Hiram faire fonctionner la Reine de jouets, tandis que ses hommes se présentent comme des gardes royaux et le réel est reine prises par Fidget d’être nourri à Felicia. Le faux reine déclare Ratigan gouverneur de tous Mousedom, et, après avoir remercié son épouse robotique il annonce ses plans tyranniques pour ses nouveaux «sujets», y compris plusieurs impôts injustes. Juste à ce moment, Basil, Dawson, et Olivia enregistre Hiram et la vraie reine, et appréhender Fidget avec deux autres hommes de main de Ratigan (projet de loi Lizard et une souris). Basile se empare alors de contrôle de la souris-queen mécanique, le forçant à dénoncer Ratigan comme un imposteur et un tyran, brisant en morceaux tout le temps. La foule, enragé par la trahison de Ratigan, commencer à grimper sur lui et vaincre ses gardes de bidonvilles. Ratigan se libère et se échappe sur son dirigeable avec Fidget, et la tenue Olivia otage.
Basil, Dawson, et Hiram créer leur propre métier avec une boîte d’allumettes et quelques petits ballons remplis d’hélium, tenue sous l’Union Jack. Une poursuite à grande vitesse au-dessus de la ville se ensuit. Ratigan jette Fidget (qui ne peuvent pas voler) dans la rivière Thames ci-dessous pour «alléger la charge», puis tente de conduire le dirigeable lui-même. Basil saute sur le dirigeable pour affronter son ennemi; Toutefois, sans barreur, Ratigan est incapable de diriger son métier, et il finit par se écraser directement dans Big Ben. Intérieur de l’horloge, Ratigan et Basile se affrontent dans une bataille finale. Basil sauve Olivia et son livre à Hiram, qui est toujours sur le ballon avec Dawson en toute sécurité. Ratigan plonge dans Basile, et tous deux tombent sur la main heure de l’horloge. La lutte se ensuit et Ratigan commence à thrash vicieusement Basil. Il semble que la chance de Basil est sur le point de fonctionner jusqu’à ce que sonne le glas de l’horloge et Ratigan plonge au large de la main tenant Basil avec lui, mais Basil se sauve juste à temps.
Retour à Baker Street, Basile et Dawson racontent leurs aventures ainsi que la reconnaissance de la reine à leur sauver la vie, et ensuite, laisser les Flavershams. Dawson chiffres il est temps pour lui de quitter ainsi, mais la scène est interrompue par un nouveau client désemparé. Basil persuade alors Dawson de rester « fidèle mon associé, le docteur Dawson, avec qui je fais toutes mes affaires ».