Il y a plusieurs siècles, une décharge d’armes accidentelles entraînerait une gigantesque tsunami qui menace de détruire la capitale de l’Atlantide. Le cristal géant qui alimente la ville, connue comme le coeur de l’Atlantide, demande à la reine et son tire vers le haut afin qu’ils seraient liés afin de sauver la ville. Sa fille jeune, Kidagakash, montres en larmes devant son père, le roi Kashekim Nedakh, couvre ses yeux. La puissance du cristal crée une barrière protectrice autour du centre de la ville, en le gardant d’être détruite par le tsunami. Cependant, il en résulte aussi dans la ville être enseveli sous les eaux diminuant.
En 1914, Milo James Thatch prépare sa présentation à ses employeurs à la Smithsonian Institution à Washington, DC sur le continent perdu de l’Atlantide. Il note qu’il croit qu’il est une source d’énergie que les Atlantes utilisé et qu’il pourrait encore être caché dans la ville en contrebas. Il raisonne qu’il ya un livre intitulé Journal du Berger qui a été vu à travers l’histoire qui contiendrait une carte détaillée de la route à la ville et croit que le livre est en Islande. Lors de la présentation, il reçoit un appel pour fixer les chaudières, révélant qu’il ne est pas un linguiste ou cartographe salarié, mais le concierge. Le conseil d’administration de l’institution, puis tenter de sauvegarder tromper sur. Milo court après eux et parvient à coincer M. Fenton Harcourt, qui rejette complètement l’existence de l’Atlantide comme un mythe. Même lorsque Milo menace de quitter, Harcourt note que la recherche de l’Atlantide est un tueur de carrière, qui est ce qui est arrivé à la fin grand-père de Milo Thatch Thaddeus.
Milo retourne à la maison démoralisée, seulement pour répondre tout à coup une femme nommée Helga Sinclair. Elle lui dit qu’elle est là pour le compte de son employeur avec une proposition. Lorsque Milo demande qui est son employeur, elle le pousse à la place à la succession ofPreston Whitmore. En arrivant dans l’étude privée de Whitmore, Milo découvre que Whitmore était ami avec son grand-père. Il trouve Whitmore dans le milieu de terminer une séance de yoga avant de pointer un colis adressé à Milo de son défunt grand-père. Milo ouvre le colis à trouver, à son incrédulité, Journal du Berger. Whitmore explique qu’il remplit un pari fait de moi à Thaddeus en finançant l’expédition, se il est clair qu’il est prêt à le faire indépendamment raison de son amitié avec lui. Whitmore ajoute que tout est réglé et tout ce qu’ils ont besoin de quelqu’un qui peut lire le livre, qui est Milo. Sans trop d’hésitation, Milo se engage à participer.
En préparation pour l’expédition de commencer, Milo découvre que Helga est plus qu’un simple assistant personnel de Whitmore comme elle est le deuxième commandant de l’expédition. Il a aussi des démêlés avec le cuisinier personnes âgées Jebidiah « Cookie » Farnsworth et expert en démolition Vincenzo « Vinny » Santorin avant Whitmore lui présente le commandant de l’expédition commandant Lyle Rourke. Les annonces sont entendus de l’opérateur radio personnes âgées Wilhelmina Packard, le dernier étant pour l’embarquement final sur le navire sous-marin de pointe les Ulysse. Après vagues Milo Whitmore au revoir, le sous-marin est lancé.
Milo continue de répondre à un peu plus de l’équipage de l’expédition, comme géologue français Gaetan « Mole » Molière, chef medicDoctor Joshua Sweet, et mécanicien adolescente Audrey Ramirez avant de procéder à une séance d’information où trouver l’entrée qui les conduit à Atlantis. Soudain, ils sont attaqués par un Leviathan mécanique géant. Malgré les meilleurs efforts pour se défendre contre la bête, toutes les mains sont contraints d’abandonner le navire après qu’il soutient trop de dégâts. Le chemin vers l’entrée se trouve et tous les navires survivants suivre avec le Leviathan à courir après eux jusqu’à ce qu’il ne peut plus le faire. Après avoir atteint une poche d’air, seulement une petite fraction de l’équipage ont survécu.
Le reste de l’expédition continue de l’avant avec Milo ouvre la voie à travers sa traduction des directions dans Journal du Berger. Tricks sont joués sur lui par d’autres membres de l’équipage jusqu’à ce qu’ils le prennent dans lors d’un arrêt pour le repos. Milo commente que Journal du Berger peut-être manquant une page, mais les autres lui faire relâcher la livre pour un moment. Il commente qu’il est tellement excitée d’être dans une telle aventure, même si les autres notent le leur principalement dans ça pour l’argent. Après avoir ouvert sur lui-même, Milo se entendre à propos de Sweet, Audrey et Vinny, mais est averti par Sweet pas apprendre sur l’histoire de Mole. Comme tout le monde dort, un chiffre qui a regardé l’expédition creuse à travers la possession de Milo jusqu’à ce qu’il soit de ruissellement par l’éveil Milo à utiliser la salle de bains. Alors qu’il est déboucler sa ceinture, il souligne la lampe de poche à ce qui semble être une lampe. La lumière provoque une vague de lucioles pour attaquer le camp. La plupart survivre à l’attaque et essayer de se échapper dans une grotte, mais la quantité de poids de leurs véhicules causent le pont de l’effondrement.
Presque tout le monde survivre à l’effondrement. Examen de leur position les trouve, selon Mole, placé dans les entrailles d’un volcan qui sommeille et éclatera se il est dérangé par une force assez puissante. Un examen plus approfondi trouve qu’il ya une voie de sortie possible par ce qui semble être le sommet du volcan quand tout le monde se rend compte que Milo est manquant. Milo se réveille pour se retrouver entourée de figures étranges jusqu’à ce que l’un d’eux retire son masque, révélant une femme humaine derrière. Elle utilise un cristal accroché autour de son cou pour guérir complètement une coupure sur son épaule avant de décoller. Milo suit avec l’expédition rattrapage et dans le processus ils se trouvent regardant Atlantis, vivante et florissante. Les chiffres, découverts à être Atlantes reviennent avec Milo être capable de communiquer avec eux avant qu’ils réalisent les Atlantes peut parler ne importe quelle langue que la leur est la source racine de tous les autres. La femme, révélé être princesse Kidagakash, se engage à prendre pour répondre à son père le roi. Sur le chemin, Helga exprime à Rourke hésitation quant à la mission car il ya des gens vivants. Rourke, d’autre part, estime qu’il ne change pas l’objectif de leur mission.
Milo, Rourke, et Helga sont portées devant le roi aveugle Kashekim par Kida. Seulement Milo est en mesure de comprendre à travers l’interaction entre le père et la fille que les étrangers ne sont pas les bienvenus et auraient été tués à l’origine à vue. Kashekim parle que l’anglais, reconnaissant pourquoi ils sont vraiment là-bas et leur dit de partir. Rourke parvient à le convaincre de laisser le séjour de l’équipage pour une nuit afin qu’ils puissent se reposer et se réapprovisionner. Après Milo, Rourke, et Helga laisser, Kida et son père continuent de discuter avec Kida croire les étrangers peuvent aider à redécouvrir leur culture mourir en Kashekim déclare fermement leur mode de vie est préservée. Pendant ce temps, l’équipage souhaite encore obtenir quelques réponses sur ce qui se passe et ce qu’il faut faire ensuite. Ils décident d’avoir Milo parler avec Kida. Milo n’a aucun mal à parler à Kida comme elle finit le seul à se engager dans la conversation.
Milo et Kida commencent à se connaître les uns les autres ainsi que de comprendre où chaque provenaient. Kida raconte son témoin de la grande inondation, qui choque Milo car il la rend beaucoup plus âgé qu’elle apparaît. Milo tente de découvrir la source de puissance qu’il cherche, mais se laisser distraire avec un autre choc quand on se rend compte que personne dans Atlantis peut lire le Atlante écrite. Grâce à Milo, lui et Kida sont en mesure de comprendre comment activer l’un des Ketaks avant qu’ils visitent la ville. La tournée est vraiment Kida dirige Milo vers un étang profond sous lesquels un grand nombre d’informations écrites se trouve. Milo et Kida nagent autour de cristal fournissant la lumière de Kida nécessaire pour Milo à lire. Milo découvre que la source d’alimentation, il a été à la recherche de cristaux est le même qui a pris la mère de Kida et ce est la raison pour Atlantis est encore capable de se épanouir en vie. Cependant, l’emplacement du Cœur de l’Atlantide est inconnue et Milo soupçonne la page manquante contient ses allées et venues.
Lorsque Milo et la surface Kida, ils sont surpris de trouver Rourke conduisant le reste de l’expédition pour commencer d’une manière plus énergique pour trouver le Cœur de l’Atlantide, Milo horrifiant que même Sweet, Audrey, et les autres sont dans le coup. Rourke révèle à avoir en sa possession de la page manquante et force Milo à traduire en pointant une arme sur Kida après qu’il refuse d’abord depuis le cristal est nécessaire pour maintenir Atlantis en vie. Ils se retrouvent dans la chambre du roi que la page note que le coeur de l’Atlantide se trouve là où les yeux du roi peuvent voir. Kashekim refuse d’élaborer sur l’énigme, même après avoir été perforé et sous la menace d’exécution, à la grande horreur des autres. Juste avant la gâchette, Rourke est en mesure de comprendre l’énigme que le milieu de la pièce mène à la chambre contenant le cristal. Rourke et Helga forcent Kida Milo et à se joindre à eux comme ils descendent dans la chambre pour trouver le coeur de l’Atlantide avec effigies de pierre des anciens rois en orbite autour de lui. Alors que Rourke et Milo soutiennent sur la façon de récupérer le cristal, qui est en lévitation dans l’air, le cristal appelle à Kida et elle est bientôt infusé avec le cristal. Par avertissement de Milo, ils ne la touchent pas, tandis que les hommes de Rourke sa place dans un récipient.
Juste avant Rourke et le reste de l’expédition font off, Milo fait un autre moyen que leurs actions vont tuer les Atlantes. Sweet, Audrey, Vinny, Mole, Cookie et Packard décident à l’autre avec Milo, ne voulant pas la mort de vies innocentes sur leur conscience. Les moyens tombent dans l’oreille d’un sourd avec Rourke, qui détruit le pont de bois pour les empêcher de suivre. Avec le Coeur de l’Atlantide ne est plus dans la ville de le tenir allumé, il place Atlantis et ses civils en danger. Milo rencontre avec le roi mourant, qui explique que le Cœur de l’Atlantide appelle une de sang royal à se lier avec lui-même et les gens de protéger, le soulèvement a développé une conscience de sa propre. En raison de son arrogance en statuant Atlantis avec le cristal, il est devenu trop fort pour contrôler et il conduit au naufrage de la ville ainsi que sa femme sacrifiée pour les sauver. Avant de mourir, il note que le cristal doit être retourné non seulement pour sauver Atlantis, mais pour éviter d’être Kida perte par collage avec le cristal depuis trop longtemps. Après un discours d’encourager de Sweet, Milo dirige chacun à un Ketak et comment les cristaux qu’ils possèdent a encore assez de puissance pour les activer.
Rourke et ses hommes soufflent un trou dans le sommet du volcan et tentent de voler à travers un Gyro-Evac quand Milo et les autres arrivent pour les arrêter. Pendant la bataille, Vinny découvre accidentellement façon de se acquitter d’un boulon d’énergie des véhicules pour contrer les armes et la puissance de feu Rourke et ses hommes possèdent. Milo et Vinny puis distraire Rourke et Helga tout doux et Audrey tentent de libérer le récipient avec Kida. Bien Rourke et Helga voiture hors Doux et Audrey, Milo bloque son Ketak dans l’un des ballons et l’amène à descendre lentement. Helga essaie d’alléger la charge, mais ils sont toujours en baisse quand Rourke décide de la repousser. Elle parvient à basculer vers l’arrière sur et autour de le frapper pour la trahir, mais il l’attrape et la jette pour de bon. Milo et Rourke entrer dans une bagarre avec le ballon une fois de plus croissant, mais gravement blessé Helga revient au Rourke en tirant un pistolet lance-fusées et de détruire le ballon principal, lui causant ainsi de descendre de façon permanente.
Un furieux Rourke va après Milo avec une hache, au cours de laquelle il freine un trou de verre du récipient. Milo remarque l’un des éclats de verre présente des éléments du cristal et l’utilise pour couper Rourke quand il le tient par le cou. La coupe provoque éléments du cristal de mélanger dans le sang de Rourke, le transformant en forme de cristal. Néanmoins, il attaque encore jusqu’à ce qu’un positionnement chance provoque Rourke à briser après la connexion avec les hélices tournent toujours du ballon à air chaud. L’acte déconnecte le récipient, si Milo doit se déplacer vite pour empêcher le ballon de l’air chaud de se écraser sur elle. L’accident est assez de force pour provoquer le volcan de réveiller et Milo et les autres apportent rapidement le récipient à la ville. Milo ouvre le récipient et Kida et le Cœur de l’ascension Atlantis. Ils éveillent gardiens de pierre géantes pour créer un champ de force pour éviter la lave de détruire la ville. Avec la ville sauvé, Kida est libéré de la glace et dans les bras de Milo.
Les Atlantes remercier ceux qui ont aidé Milo les sauver, enfiler chacun d’entre eux avec des cristaux et de leur fournir une pile acceptable d’or pour revenir à la surface avec. Milo est de rester derrière, comme lui et Kida sont tombés en amour et il est nécessaire pour aider les Atlantes redécouvrir leur culture perdue. Retour à la surface, Whitmore débriefing Vinny, Sweet, Audrey, Mole, Cookie et Packard en répétant une fausse histoire à leur sujet ne trouvant rien ainsi que les destins confectionnés de Helga, Rourke, et Milo. Tout en passant par les photos Packard a pris, Whitmore découvre un paquet pour lui contenant une image de Thaddeus et de l’enfant Milo, un cristal, et un message pour le remercier au nom des Thatches pour les aider à réaliser leur rêve. Retour en Atlantide, Milo achève la construction d’une effigie de pierre de Kashekim pour rejoindre les autres rois dernières orbite autour de la Heart of Atlantis comme il plane une fois de plus au-dessus de la ville nouvellement restauré.